Einem natürlichen Lebensmittelfarbstoff wie dem grünen Chlorophyll werden positive Auswirkungen auf die Gesundheit zugeschrieben. So sollen sekundäre Pflanzenstoffe das Risiko für Erkrankungen des Herz-Kreislauf-Systems und Krebs senken. Anders sieht es mit den rein künstlichen Farbstoffen aus. Wie manche
Konservierungsstoffe können Sie allergieähnliche und allergische Symptome auslösen. Dazu zählen Hautausschläge, Kopfschmerzen und Atemnot. Bei einigen Azofarbstoffen haben Wissenschaftler nachgewiesen, dass sie Hyperaktivität (ADHS) begünstigen. Die EFSA hat daraufhin angeordnet, dass auf entsprechenden Produkten der Warnhinweis "Kann Aktivität und Aufmerksamkeit bei Kindern beeinträchtigen" aufgedruckt sein muss.
Abgesehen von dieser Einschränkung gelten synthetische und natürliche Farbstoffe in Lebensmitteln nach heutigem Kenntnisstand als unbedenklich. Ob und welche Wirkungen im komplexen Zusammenspiel mit anderen Nahrungszusätzen und Umwelteinflüssen auftreten können, lässt sich aber nicht sagen. Wer auf Nummer sicher gehen möchte, weil er zum Beispiel Allergiker ist oder eine Grunderkrankung hat, meidet am besten vor allem die künstlichen Farbstoffe. So werden auch keinesfalls die von der EFSA für manche Stoffe vorgegebenen täglichen Höchstmengen überschritten.