Allgemein wird in der Ernährung zwischen Unverträglichkeiten und Allergien unterschieden. Bei einer Allergie ist das Immunsystem betroffen, während eine Unverträglichkeit andere Ursachen hat. So ist das Problem bei einer Laktoseintoleranz, einer Unverträglichkeit von Milchzucker, der Mangel eines Enzyms, das Laktose normalerweise spaltet und weiterverarbeitet. Intoleranzen beschreiben selten die komplette Unverträglichkeit eines Stoffs. Im Falle einer Fruktoseintoleranz verträgt der Körper beispielsweise meist eine bestimmte Menge Fruchtzucker, bevor es zu Problemen kommt.
Eine Ausnahme ist die Zöliakie. Trotz ihres Namens handelt es sich weder um eine klassische Unverträglichkeit noch um eine Allergie. Zöliakie ist eine chronische Entzündung der Darmschleimhaut, ausgelöst durch das Klebereiweiß Gluten. Der Stoff findet sich in vielen Getreidesorten und kann auch andere Formen der Glutenunverträglichkeit auslösen.