Wie das Einsatzspektrum von Maltit zeigt, kommt der Zuckerersatz fast nur in verarbeiteten Lebensmitteln zum Einsatz. Diese sind im Vergleich zu frischen, naturbelassenen Nahrungsmitteln immer im Nachteil. Maltit ist zudem selbst eine industriell hergestellte Substanz, die aus Mais- oder Weizenstärke gewonnen wird – mitunter auch aus Genmais. Wer an einer
Fruchtzucker-Unverträglichkeit leidet, sollte E965 meiden, da Maltit zwar keine Fructose enthält, aber vom Körper ähnlich schlecht verarbeitet werden kann. Aber auch gesunde Menschen können bei übermäßigem Verzehr von Maltit Probleme bekommen und mit Blähungen, Bauchschmerzen und Durchfall reagieren. Deshalb müssen Produkte, die mehr als 10 Prozent des Zuckeraustauschstoffs enthalten, mit dem Hinweis "Kann bei übermäßigem Verzehr abführend wirken" versehen sein.